审计发现，部分政府建设工程存在错套定额、高套定额子目、取费错误等问题，造成结算价款不实，此类问题带有普遍性。
一、错套定额。部分施工单位有意或无意将工程混淆，定额标准取高不取低，导致工程结算价款偏高。如，仿古建筑工程应套用《北京市仿古建筑工程预算定额》，而不应套用取费费率相对较高的《北京市房屋修缮工程单位估价表》。
二、高套定额子目。此类情况有两种：一是低等级套用高等级子目。以施工中使用量较大的混凝土板水泥为例，用C25套用C30，仅单位成本就加大了10%；二是因定额子目单价合同中不体现，施工单位结算中擅自提高子目单价或借用定额子目，提高单价标准。
三、提高材料价格。部分施工单位选用施工期中，甚至施工期以外最高的材料价格进行结算，提高结算价格。
四、取费错误。有的施工单位在施工结算时，通过加大直接费用，或者扩大工程间接费取费基数或提高取费费率，达到虚报工程造价的目的。
五、将变更撤销的项目计入结算。工程由于变更洽商，原有的一些设计有的被删减，而有的施工单位将此类项目，特别是一些直观体现不明显的列入结算，加大工程造价。
审计认为，工程结算不实，直接关系到财政资金的安全、完整与效益。工程结算中的问题虽反映为施工单位的不规范操作，但建设单位或政府监督部门专业力量不足，监管很难到位，也是出现问题的主要原因之一，有关部门应予关注并研究对策。一方面强化内部制约机制，委托或配备专业机构或人员，强化监管；另一方面，在非经营性政府投资项目的代建制试点中，应及时总结经验，研究制定代建制管理办法，明确招投标程序、资质审查、质量与成本控制、合同管理、责任追究等项内容，规范代建行为，提高财政资金效益。