2006年，全市审计项目计划编制的指导思想是：认真贯彻十六大、十六届五中全会和中央经济工作会议精神，坚持以科学发展观和构建和谐社会的思想统领审计工作。
安排审计项目的总体目标是：促进规范管理，提高财政资金使用效益,为构建和谐社会和首都经济全面、协调、可持续发展发挥监督和服务作用。
在审计项目安排上，围绕“新北京、新奥运”的战略构想，加大本级财政支出和财政资金使用效益及专项资金的审计力度。坚持财务收支审计与效益审计并重，审计与专项审计调查并重和量力而行，留有余地的原则。全年安排审计项目34项，涉及30个市级部门预算执行情况审计，市对区县转移支付资金审计，村级组织正常运转和村级公益事业专项补助资金审计，15个政府投资重点基础设施建设项目审计，奥运工程跟踪审计，国有企业对外投资情况审计调查等项目。