经济责任审计的主要目的是分清经济责任人任职期间在本部门、本单位经济活动中应当负有的责任，为组织人事等部门考核使用干部或者兑现承包合同等提供参考依据。
一是要在促进领导干部增强责任意识上发挥作用。通过审计查出的问题, 帮助查找问题产生的原因，强化领导干部加强政治、经济、法律等方面的理论知识学习，促使单位领导干部对自身的权与责有较为清晰的认识,引导领导干部增强责任意识，促进了领导干部依法履行经济责任，提高依法行政能力，保证单位的经济工作和财务管理法制化、规范化。
二是要在为政府提供宏观决策服务上发挥作用。对审计中发现的带有普遍性、倾向性的问题进行综合分析，着眼宏观服务，注意从体制、机制和制度上研究解决问题的方法和措施，为政府制定宏观政策提供依据。
三是要在促进财政财务规范管理上发挥作用。审计过程中，要善于发现并实事求是地指出问题，深入分析原因，寻找解决的办法，提出合理化建议，帮助被审单位完善内部控制制度，确保财政资金安全运行，提高财政资金使用效益。
四是要在领导干部的监督管理和选拔任用上发挥作用。经济责任审计要以被审计对象任期经济责任目标为标准，将审计核实的实际完成情况与任期目标进行对比，分析确定被审计对象任职期限内经济工作完成情况。同时要对被审计对象单位资产管理、财务制度建设以及遵守廉政规定等方面承担的经济责任作出评价和界定, 为相关部门全方位地了解干部的德、能、勤、绩、廉提供参考依据。